農業を営む個人※1が、昭和56年〜令和2年までの各年において、飼育した肉用牛※2を売却した場合には、売却により生じ農業所得に対する課税の特例（免税または収入金額の５％課税）を受けることができます（措法25）。

この特例は、①自分で飼育した肉用牛を特定の市場（家畜取引法に規定する家畜市場）にて売却、または②自分で飼育した生産後1年未満の肉用牛を特定の農業協同組合等に委託して売却、が対象となります。

※1　畜産業のみを行っている場合は特例の対象外となります
※2　農業災害補償法第111条第1項に規定する肉用牛等及び乳牛の雌が対象となり、乳牛の雌のうち、子牛の生産のためのものと牛の胎児を除きます

また、この特例は、飼育期間が極端に短く、単なる肉用牛の移動を主体とした売却により生じた所得は適用対象外であり、2ヶ月以上飼育した肉用牛（特定の肉用牛）の売却に限って適用されます。

免税対象飼育牛の範囲

特定の肉用牛のうち、次のいずれかの条件に該当するものを「免税対象飼育牛」といいます。

1. 家畜改良増殖法に基づく一定の登録※3がされている肉用牛
2. 売却価額が100万円未満である肉用牛（交雑種は80万円、ホルスタイン種・ジャージー種・乳用種は50万円）※4

※3　一定の登録は次の通りです

• （公益社団法人）全国和牛登録協会の登録規程に基づく高等登録
• （一般社団法人）日本あか牛登録協会の登録規程に基づく高等登録
• （一般社団法人）日本短角種登録協会の登録規程に基づく高等登録
• （一般社団法人）北海道酪農畜産協会のアンガス・ヘレフォード種の登録規程に基づく高等登録

※4　売却価額の判定について次の点に留意が必要です

• 通常の場合は、消費税を上乗せする前の特例対象市場等における売却価額により判定します
• 実質的に売却価額を補填すると認められる補助金※5については、その金額を売却価額に含めて判定します。なお、「特定の肉用牛」に対して支払われるこれらの補助金等は、「免税」または「収入金額の5％課税」の対象となります。
• 売却価額は、枝肉価額、原皮および内蔵等の合算価額をいいます

※5　実質的に売却価額を補填すると認められる補助金

• 取引価額が一定の価格を下回る場合に受ける生産者補給金
• 肉用牛繁殖経営支援事業に基づく交付金
• 肉用子牛生産者補給金
• 肉用牛飼育経営安定対象事業等に基づく飼育牛補填金

課税の特例の対象となる市場等の範囲

課税の特例の対象となる肉用牛の売却は、以下の市場等で行うものに限られます。

• 家畜市場（「家畜取引法」に規定する家畜市場および臨時市場）
• 中央卸売市場
• 指定市場（「畜産物の価格安定に関する法律」の規定により農林水産大臣が指定した市場）
• 条例市場（条例に基づき開設された市場で農林水産大臣の認定を受けた市場）
• 認定市場（農業協同組合、農業協同組合連合会、地方公共団体等が開設する市場で農林水産大臣の認定を受けた市場）

注：生後1年未満の肉用牛を委託して売却する場合に特例の適用対象となる委託先は、「肉用子牛生産安定等特別措置法」に規定する指定協会から生産者補給金交付業務に関する事務の委託を受けている「農業協同組合」または「農業協同組合連合会」で農林水産大臣の指定を受けたものに限定されます。

所得金額の計算

課税の特例を受ける場合は、次の点に注意して、「特定の肉用牛」の売却所得（課税の特例を受ける農業所得）とそれ以外の農業所得を区分して計算します。

必要経費の合理的な区分

「特定の肉用牛」の売却所得とそれ以外の農業所得に共通する必要経費は、 収入金額や飼育頭数などの合理的な基準により按分します。

青色申告特別控除の控除方法

青色申告者が課税の特例を受ける場合、青色申告特別控除は、①「特定の肉用牛」の売却所得以外の農業所得から控除し、控除しきれない場合は、②「特定の肉用牛」の売却所得から控除します。

純損失の繰越等における留意点

「特定の肉用牛」の売却所得は、翌年以降に繰り越す損失額の計算において、「特定の肉用牛」の売却所得を含めて損益通算を行います。
【計算例】※農業所得以外の所得は無い
農業所得▲100万円（内訳：「特定の肉用牛」売却所得200万円、それ以外の所得▲300万円）の場合、農業所得を「特定の肉用牛」の売却所得200万円を除いた▲300万円として損失申告書を提出することはできません。

所得金額（免税額）の計算

売却した「特定の肉用牛」が全て免税対象飼育牛であり、その売却した頭数の合計が1,500頭以内である場合

「特定の肉用牛」の売却所得を含む総所得金額に係る所得税の額から、「特定の肉用牛」の売却所得がないものとして計算した所得税の額を控除した税額が免税となります。
つまり、「特定の肉用牛」の売却所得に対する税金が免税となります。

売却した「特定の肉用牛」に免税対象飼育牛に該当しない牛が含まれている場合

売却した「特定の肉用牛」の中に免税対象飼育牛に該当しない牛がいる場合、または免税対象飼育牛に該当する肉用牛の頭数の合計が1,500頭を超える場合の、その超える部分の免税対象飼育牛が含まれている場合 （全て免税対象飼育牛に該当しない場合を含む。）には、選択により、次の①又は②のいずれかにより課税されます。
①次の合計額を所得税の額とする方法

A：免税対象飼育牛以外の「特定の肉用牛」の売却価額と、免税対象飼育牛に該当する肉用牛の頭数の合計が1,500頭を超える場合における当該超える部分の免税対象飼育牛の売却価額の合計額に5%を乗じた金額（収入金額の5%課税）

B：「特定の肉用牛」の売却所得がないものとして計算した所得税の金額

注：「免税」または「収入金額の５％課税」いずれか一方のみを適用することはできません
②免税対象飼育牛の売却所得を含む全ての所得について通常の総合課税により計算する方法

肉用牛に係る各種補助金の取扱いについて

• 売却代金を補填する補助金については、免税所得の収入金額に算入します。
• 費用を補填する補助金については、 免税所得以外の所得（課税所得）の収入金額に算入し、 その補助金の対象となった費用を課税所得の必要経費に算入します（両建方式）。

なお、 上記以外の補助金については、 免税所得以外の所得（課税所得）の収入金額に算入するが、 両建方式はとりません。

確定申告書等の作成時の留意点

• 確定申告書第二表の「特例適用条文等」欄に「措置法25条」と記入します。
• 「肉用牛の売却による所得の税額計算書」及び「肉用牛売却証明書」（生後1年未満の場合は「肉用子牛売却証明書」）を添付します。
• 「特定の肉用牛」の売却所得を青色申告決算書（収支内訳書）の「肉用牛について特例の適用を受ける金額」欄に記載します。

参考：「肉用牛の売却による農業所得の課税の特例」適用判定フローチャート